Tarif Khusus merupakan alternatif tarif perjalanan yang hanya tersedia pada relasi dan layanan kereta api tertentu. Ketersediaannya juga bergantung pada kuota tempat duduk yang tersedia.
Sejumlah rute yang mendapatkan fasilitas ini antara lain:
Surabaya Gubeng–Madiun, Surabaya Gubeng–Jombang, Surabaya–Malang, Surabaya–Jember, Surabaya–Probolinggo, Surabaya–Cepu, dan Surabaya–Semarang Tawang.
Kemudian ada rute Malang–Madiun, Malang–Kediri, Malang–Blitar, serta Malang–Yogyakarta.
Tarif khusus tersebut tersedia pada berbagai layanan kereta api.
Di antaranya KA Argo Wilis, Argo Semeru, Bima, Turangga, Ranggajati, Mutiara Selatan, Sancaka, Pasundan, Logawa, Jayabaya, Gajayana, Malabar, Sembrani, Harina, Dharmawangsa, Gumarang, hingga Kertajaya.
Untuk pembelian, tiket tarif khusus dapat diperoleh melalui loket stasiun dengan mekanisme go show mulai dua jam sebelum jadwal keberangkatan, selama kuota masih tersedia.